Theo đó, tổng nhu cầu vốn để thực hiện quy hoạch khoảng 6.715 tỷ đồng, đầu tư bằng nguồn vốn ngân sách nhà nước, Trái phiếu Chính phủ, nguồn vốn vay WB, ADB, ODA,… nguồn vốn của các nhà đầu tư trong và ngoài nước và các nguồn vốn huy động hợp pháp khác, được phân kỳ đầu tư như sau:
Giai đoạn 2011-2015: Đầu tư 68 công trình cấp nước tưới và 15 công trình phòng lũ, tiêu thoát nước, bảo vệ bờ và tổ chức di dời, bố trí sắp xếp dân cư ra khỏi vùng thiên tai với kinh phí 2.441 tỷ đồng.
Giai đoạn 2016-2020: Đầu tư 119 công trình cấp nước tưới và 16 công trình phòng lũ, tiêu thoát nước, bảo vệ bờ và tổ chức di dời, bố trí sắp xếp dân cư ra khỏi vùng thiên tai với kinh phí 2.782 tỷ đồng.
Giai đoạn 2021-2025: Đầu tư 166 công trình cấp nước tưới và 06 công trình phòng lũ, tiêu thoát nước, bảo vệ bờ và tổ chức di dời, bố trí sắp xếp dân cư ra khỏi vùng thiên tai với kinh phí 1.492 tỷ đồng.